Sfântul Isaac Sirul este unul din cei mai mari dascăli ai rugăciunii neîncetate, isihiei (liniștirea inimii), smereniei și dragostei, pe care le-a descris în cuvinte nespus de frumoase și profunde.

În scrierile Sfântului Isaac Sirul se vede mai ales smerenia, ca punct de plecare în urcușul duhovnicesc curățitor de patimi, și rugăciunea, care leagă permanent inima și mintea omului de Dumnezeu. Acestea reies și din rugăciunile sale de maximă adâncime, închinate Mântuitorului Hristos.
Pentru Sfântul Isaac Sirul, adevărata viață spirituală a omului este dorul după dragostea lui Hristos, dorul de Duhul Sfânt și de viața viitoare, veșnică. El recomanda tuturor ca pildă și model de urmat pe Însuși Mântuitorul și viața Lui pământească plină de smerenie, blândețe și dragoste. Smerenia este haina lui Dumnezeu, spune Sfântul Isaac Sirul, pentru că Însuși „Cuvântul întrupându-Se, pe aceasta a îmbrăcat-o, și a ascuns puterea măririi Lui în smerita cugetare.”
Cel care dorește să dezvolte în conștiința sa atotprezența lui Dumnezeu, trebuie să practice rugăciunea neîncetată a vameșului: „Doamne Iisuse Hristoase, miluiește-mă pe mine păcătosul!” și să ceară de la Dumnezeu vederea păcatelor și puterea de a le lupta cu ele pentru a le scoate dinlăuntrul inimii.
Rugăciune către Domnul Iisus, a Sfântului Isaac Sirul
„La ușa milostivirii Tale, bat, Doamne, trimite-mi ajutorul Tău pornirilor mele împrăștiate, otrăvite de mulțimea patimilor și de puterea întunericului.
Stârnește în mine străpungere și căință la vederea rănilor din mine, măcar că ele nu vor fi pe măsura păcatelor mele, căci, dacă le-aș cunoaște în toată întinderea lor, sufletul meu ar fi mistuit de amară durere pentru ele.
Vino în ajutorul slabelor mele mișcări spre adevărata căință. Fie ca, prin zdrobirea ei – care e un dar al Tău – să găsesc ușurare de năprasna păcatelor, căci fără puterea harului Tău nu sunt în stare să intru în mine însumi, ca să-mi cunosc întinăciunile mele și, văzându-le, să opresc multele mele împrăștieri.”